# 农心生信工作室 # 2022-11-16 # 代码编写及注释：农心生信工作室 # # 热图 (Heat map) 可以在微生物组研究中展示展示细菌功能聚类分析的结果，而环状热图是热图的一种表现形式。 # 本期我们挑选2022年6月13日刊登在iMeta上的Microbial community roles and chemical mechan…

# 农心生信工作室 # 2022-10-05 # 代码编写及注释：农心生信工作室 # 曼哈顿图 (Manhattan Plot) 是散点图的一种，在微生物组研究中通常用于表示微生物差异丰度的结果， # 是微生物组分析中常用的展示方式。本期我们挑选2022年6月23日刊登在iMeta上的Biochar stimulates tomato roots …

# 顾祖光(Zuguang Gu) # 2022-09-20 # 如果你使用本代码，请引用： Zuguang Gu. 2022. Complex heatmap visualization. iMeta 1: e43. https://doi.org/10.1002/imt2.43 # # 翻译及注释：农心生信工作室 # # 热图（Heatmap）…

# 本教程相关代码已经上传至 https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221030RDA 如果你使用本代码，请引用： Zeyu Zhang. 2022. Tomato microbiome under long-term organic and conventional farming…

本教程相关代码已经上传至 https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221129PCoA 如果你使用本代码，请引用： Yangquanwei Zhong. 2022. Differential microbial assembly processes and co-occurrence …

# dune是一套包含了20个样品和30个物种丰度数据的统计表。 # 其格式是常见OTU表转置后的格式， # 每一行是一个样品，每一列是一个物种 (检测指标)。 # dune.env是元数据信息，包含数据的分子信息、生存环境信息等，记录了5个因素 (同时包含连续变量信息和分组变量信息)： # A1: 土壤厚度信息 a numeric vector …

library(KEGGREST) library(readxl) library(tidyverse) library(openxlsx) library(tidyverse) library(magrittr) #######读取数据，mzcloud阈值大于80， CD_c18_pos<-read_xlsx("CD-c18-pos2.1.…

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gunzip * for shname in `ls *R1.fastq`; do samplename=`echo "$shname" | awk -F_ '{print $1}'`; less $shname|awk '{ if(NR%4==1) gsub(/@/,"@'$samplename'_"(NR+3)/4" "); print $1}…

#######总的K0基因对应的通路 emapper1 <- read_delim("KEGG_KO_ENZYME_PATHWAY.txt","\t", escape_double = FALSE,col_names = FALSE) %>% dplyr::select(K0_id = X1, Pathway = X8, level1 = X…