#来源于https://mp.weixin.qq.com/s/u1XxeOs9gtVYtURD4dGB7Q library(XML) library(httr) library(magrittr) library(rvest) library(xml2) library(stringr) library(tidyverse) #devtools::…

#根据OTU算top100菌群相对丰度值 library(tidyverse) rm(list=ls()) df<-read.csv("1.csv",header=TRUE,row.names=1, stringsAsFactors=FALSE) head(df) sample<-colnames(df)[sapply(df,i…

#本示例是直接安装在已有的虚拟环境里面了，如有需要可以自行创建新的虚拟环境 pip3 install bypy bypy info # 运行该命令会产生一个网址链接，把链接复制到浏览器中，检测到已登录的百度云 # 盘的账户，而产生一个和账户授权码。输入该授权码后就可以对该账户下的数据进 # 行操作了。该授权码输入一次后电脑下的操作就不用重复输入。 …

#修改蛋白文件名 # singularity exec orthomcl_latest.sif orthomclAdjustFasta 文件名 文件路径 1 # BLAST: # makeblastdb -in 12.fasta -dbtype prot/nucl -out database # blastn -query FldC.fasta -…

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linguopeng.com:8787 100.75.29.54:8787 mamba create -n r4.2.2 -c conda-forge "r-base==4.2.2" -y mamba activate r4.2.2 mamba install r-tidyverse -y cp -rf /Users/guopenglin/mamb…

#找文件 find ./ -name "*.faa" -print0 | xargs -0 -I {} cp {} ./ #改名称与格式化 ls *.faa|awk -F "_" '{print$1}' >junzhunname.txt ls *.faa >id2 paste junzhunname.txt id2 >idok cat idok |…

#1.批量爬取HMDB每页的网页： for i in {1..46}; do curl -s https://hmdb.ca/hml/metabolites?page=${i} -o page${i}; sleep 15; done #2.解析本地的page网页，得到代谢物id-name字典 for i in {1..46}; do cat pag…

# 农心生信工作室 # 2023-01-18 # 本文代码已经上传至https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot230118corr 如果你使用本代码， # 请引用：Changchao Li. 2023. Destabilized microbial networks with distinct perform…

# 农心生信工作室 # 2023-01-27 # 本文代码已经上传至https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot230125ternary 如果你使用本代码，请引用：Chenyuan Dang. 2022. Microorganisms as bio‐filters to mitigate greenhouse…