#一、下载nr库以及安装taxdump、accession2taxid、csvtk、taxonkit软件 ascp -P33001 -l 500m --mode recv -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l6000m [email protected]…
#Kruse T, Benz C, Garvanska DH, Lindqvist R, Mihalic F, Coscia F, Inturi R, Sayadi A, Simonetti L, Nilsson E, Ali #M, Kliche J, Moliner Morro A, Mund A, Andersson E, McInerney…
下载：wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz 解压：tar -xzvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz 安装：sh asp…
genome_to_data = { 'F. daltoniana': {'color': "#f63c50", 'shell': 6882, 'unique': 188}, 'F. iinumae': {'color': "#ff8e54", 'shell': 5480, 'unique': 95}, 'F. mandschurica': {'c…
#前言： ##OrthoMCL ([http://orthomcl.org/orthomcl/](https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Forthomcl.org%2Forthomcl%2F)) 是现在用的最多的一款来找直系同源基因（Orthologs）以及旁系同源基因 (Paralog) …
library(microeco) # use pipe operator in magrittr package library(magrittr) # set.seed is used to fix the random number generation to make the results repeatable set.seed(2021…
#激活环境 conda activate qiime2-2019.7 #按拷贝数标准化OTU表，处理自己数据成picrust1所需 ##安装好qiime2，然后导入成qiime2格式，方便后面使用 #feature-table.biom文件 #qiime tools import --input-path ../97_otus.fasta --ou…
Langfelder P, Horvath S. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis. BMC Bioinformatics, 2008, 9(559):1-13. #WGCNA 包通过 bioconductor 安装 #install.packages('Bi…
#读取文件 p1<-read.table("1.txt",sep="\t",header = T,row.names = 1) p2<-t(p1) #install.packages("pheatmap") library(pheatmap) p3<-pheatmap(p2) library(ggplot2) #ggsave("p…
Kingfisher简介 Kingfisher是一个高通量测序数据下载工具，用户提供Run accessions或者BioProject accessions，即可在ENA、SRA、Amazon AWS以及Google Cloud等数据库中下载目标数据。Kingfisher会尝试从一系列的数据源进行数据下载，直到某个源能够work。 此外，还能根据…