NCBI数据下载工具:aspera的安装与使用

下载:wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

解压:tar -xzvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

安装:sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh #此时安装已经完成,去到用户的home目录里能看到一个.aspera目录

秘钥复制: cd;cp ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty .;cp ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ./# 切换到home路径,将两个重要的配置文件复制到home路径

添加环境变量:echo ‘export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH’ >> ~/.bashrc ;source ~/.bashrc

已可以使用该下载工具下载数据

从NCBI上下载拟南芥基因组和NR数据库,于是从NCBI上扒拉得到下载链接https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/735/GCF_000001735.4_TAIR10.1/GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna.gz 和https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz

基因组:ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l200m [email protected]:genomes/all/GCF/000/001/735/GCF_000001735.4_TAIR10.1/GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna.gz ./

NR数据库:ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m [email protected]:blast/db/FASTA/nr.gz ./

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Source: github.com/k4yt3x/flowerhd
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