#前言：
##OrthoMCL ([http://orthomcl.org/orthomcl/](https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Forthomcl.org%2Forthomcl%2F)) 是现在用的最多的一款来找直系同源基因（Orthologs）以及旁系同源基因 (Paralog) 的软件 ，同源基因的定位和注释在对基因组后续分析中至关重要。它主要在比较完整的基因组之间找直系同源基因。OrthoMCL的使用主要有13步，官方在**2013年公布OrthoMCL v2.0**版本就很久没有更新过。从v1.4最初版本说明文档可以了解OrthoMCL的使用步骤，大体有Mysql数据库配置、修改OrthoMCL配置文件、转换序列格式、过滤、比对、解析结果和聚类等步骤，特别麻烦。并且由于MySql数据库的安装和配置的过程也需要管理员权限。
##OrthoFinder（[文章链接](https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgenomebiology.biomedcentral.com%2Farticles%2F10.1186%2Fs13059-015-0721-2)）同样是寻找同源基因的利器，优势在于版本较新，应用方便,
#Emms, D.M. and Kelly, S. **(2019**) OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics. Genome Biology 20:238
#Emms, D.M. and Kelly, S. (**2015**) OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy. Genome Biology 16:157相关介绍可在[github查看]

#安装singularity,conda可安装
conda env list
conda activate singularity
#把数据放置在以下目录中
cd ~/PART/PART3_Comparative_genomics/PART3_Comparative_genomics/01.GeneFamilyCluster/data/

#返回上一层目录
cd .. 
#执行脚本
nohup singularity  exec  ../software/PhyloTools.sif orthofinder  -f data \
	-S diamond \
	-M msa \
	-T fasttree \
	-t 45 &
#运行结果会保存在上面data/OrthoFinder，以日期为保存
#在结果文件找到一下Orthogroups_UnassignedGenes.tsv

#退出环境
conda activate
#查看特异基因的ID

#根据需要的菌株另建文件夹，例如在文件夹里放置FAHBZ9L5
cat FAHBZ9L5_CDS.fnn| seqkit grep -f list > new.fa
#new.fa为保存的特异基因的核酸序列
#用new.fa到NCBI的https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/进一步筛选
#最终呈现以下图表为菌株的基因在NCBI搜索不到，表明为特异