1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses
Nature Biotechnology [IF:54.908]
DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-018-0008-8  
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#该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌
#参考基因组有很大补充
①从155个人粪便，用培养组学分离>6000个人粪便菌株，得到1520个高质量单菌基因组草图（338个种），构成可培养基因组参考（CGR）数据集；
②包括人肠道的主要细菌门和属，含至少264个新参考基因组，有不少低丰度菌，丰富了现有参考基因组，提高了宏基因组学分析的分辨率（读段比对率和SNP分析等）；
③对CGR的功能注释加深了对肠道菌功能的认知；
④对38种重要菌的泛基因组分析，揭示不同菌门的泛基因组开合趋势和在各自核心和非核心基因组上功能富集的差异。

尽管测序的细菌和古细菌基因组的数量迅速增加，但肠道细菌的参考基因组代表性不足。据估计，美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 数据库中 <4% 的细菌基因组属于人类肠道微生物群。相反，重点一直放在临床相关的病原菌上，这些细菌在微生物数据库中过多。人类微生物组计划 (HMP) 于 2010 年报告了人类微生物群的 178 个参考细菌基因组的第一个目录。迄今为止，HMP 已对从人体部位培养的 2,000 个微生物基因组进行了测序，其中 437 个是肠道微生物群。2017 年 9 月 8 日访问的数据）。然而，参考肠道细菌基因组的数量还远未饱和。

我们提供了人类肠道细菌（命名为 CGR）基因组的参考目录，该目录是通过从健康个体的粪便样本中分离出超过 6,000 株细菌而建立的。CGR 包含 1,520 个非冗余、高质量的细菌基因组草图，为肠道微生物组贡献了至少 264 个新的参考基因组。纳入 CGR 基因组后，选定的宏基因组数据集的比对率从大约 50% 提高到 70% 以上。除了改进宏基因组分析外，CGR 还将以高分辨率改进肠道微生物群的功能表征和泛基因组分析。