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71 篇文章

NCBI-NR子库的构建
#一、下载nr库以及安装taxdump、accession2taxid、csvtk、taxonkit软件 ascp -P33001 -l 500m --mode recv -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l6000m [email protected]
NC火山图
#Kruse T, Benz C, Garvanska DH, Lindqvist R, Mihalic F, Coscia F, Inturi R, Sayadi A, Simonetti L, Nilsson E, Ali #M, Kliche J, Moliner Morro A, Mund A, Andersson E, McInerney…
花瓣图
genome_to_data = { 'F. daltoniana': {'color': "#f63c50", 'shell': 6882, 'unique': 188}, 'F. iinumae': {'color': "#ff8e54", 'shell': 5480, 'unique': 95}, 'F. mandschurica': {'c…
特异基因-OrthoFinder
#前言: ##OrthoMCL ([http://orthomcl.org/orthomcl/](https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Forthomcl.org%2Forthomcl%2F)) 是现在用的最多的一款来找直系同源基因(Orthologs)以及旁系同源基因 (Paralog) …
random+bar-随机森林+丰度
library(microeco) # use pipe operator in magrittr package library(magrittr) # set.seed is used to fix the random number generation to make the results repeatable set.seed(2021…
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WGCNA实践
Langfelder P, Horvath S. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis. BMC Bioinformatics, 2008, 9(559):1-13. #WGCNA 包通过 bioconductor 安装 #install.packages('Bi…
相关性热图
#读取文件 p1<-read.table("1.txt",sep="\t",header = T,row.names = 1) p2<-t(p1) #install.packages("pheatmap") library(pheatmap) p3<-pheatmap(p2) library(ggplot2) #ggsave("p…
Kingfisher一个高通量测序数据下载工具
Kingfisher简介 Kingfisher是一个高通量测序数据下载工具,用户提供Run accessions或者BioProject accessions,即可在ENA、SRA、Amazon AWS以及Google Cloud等数据库中下载目标数据。Kingfisher会尝试从一系列的数据源进行数据下载,直到某个源能够work。 此外,还能根据…
糖尿病通路科普
脂代谢: 腺苷酸活化蛋白激酶(AMP activated protein kinase, AMPK)是机体维持体内能量平衡与细胞能量稳态的关键蛋白,是研究糖尿病及其他相关代谢疾病的核心[1]。AMPK可调控下游合成脂肪酸相关的乙酰辅酶A羧化酶1(Acetyl CoA car boxylase, ACC1)和脂肪生成转录因子固醇调控元件结合蛋白1(S…